Настройка зеркала в freenas службой rsync

Чтобы понять в чем проблема, покажите как выглядит rsync с какими ключами вы его запускаете.
Пример:
# rsync -azVP --exclude /temp/ --exclude test.txt --exclude *.tgz --force --delete /home/data/ user@192.168.1.1:/backup

Возможно вы используете ключ: --exclude  --delete которые что то исключают из синхронизации:
Исключаем директорию /temp файл test.txt и все файлы с расширением tgz расположенные в /home/data

в вашем случае должно быть что то типа:
Собственно всё делается одной командой приведу её в том виде, как она работает у меня.

rsync -r -t -v -z -h  --progress /home/user/files   /media/backup

Расшифрую:

-r  - рекурсивный режим, копируются все подкаталоги и все файлы
-t  - обновлять время изменения файла в копии данных
-v - вывод сообщений в терминал
-z  - дополнительное сжатие данных при их передачи, актуально скорее когда бэкап делается удалённо на другой компьютер (рассмотрим в следующий раз)
-h - выдаёт статистику в удобном виде
--progress - показывает скорость передачи данных и сколько процентов осталось, удобно
--delete -удалять из копии (бэкапа) те файлы, которых нет на стороне источника данных - не используйте этот ключ а то при удаление из бэкапа он также удалиться!

Хранить одну инкрементальную копию, при удалении файлов в каталоге источнике файлы в резервной копии не удалять!